서울일본인학교는 공간의 분리와 연결, 통합과 확장을 통해 유기적 구성을 이룬다. 중앙 러닝센터를 중심으로 일반교실군과 특별교실군으로 두 개의 큰 공간으로 나눈것에 이러한 개념이 적용되었고 이 공간을 기준으로 하여 접근층에는 학사관리와 교사를 위한 공간을,1층에는 유치원, 일반교실 ZONE에는 초등학교, 그리고 특별교실 ZONE에는 중학교와 특별교실을 배치하였다. 교실의 경계를 없애고 앞으로 변화돼가는 다양한 교육 프로그램에 대응할 수 있도록 열린 공간을 마련하였다.
